Here it is говорят, когда что-то находят или достают, например:

The police officer asked Jack to show him his driver's license. Jack took it out of the pocket and gave it to him, saying "Here it is, officer". / Полицейский попросил Джека показать ему права. Джек достал их из кармана и дал полицейскому, сказав: Вот они, сержант.

Celine was looking for the hotel on the map. When she found it, she said "Here it is" and marked the spot. / Селин искала отель на карте. Когда она нашла его, она сказала "Вот он" и отметила место.

Here you are говорят, когда вам что-то дают, например:

- Can we get the check? / Можно нам счет?

- Here you are. / Вот, возьмите.