What were you doing? - действие происходило в прошлом в определенный период, закончилось и отношения к настоящему не имеет.
I tried you on your cell three last night. You didn't pick up the phone. What were you doing? / Я три раза звонил тебе вчера вечером на мобильный, н ты не поднимал трубку. Что ты делал? (действие происходило вчера)
What have you been doing? - действие началось какое-то время назад, происходило в течение какого-то времени и только что закончилось.
What is your hair messed up? What have you been doing? / Почему у тебя растрепаны волосы? Чем ты занимался?
