Вырванное из контекста это можно перевести "В чем твоя проблема, мать твою?"
Но в контексте это может переводится и по-другому, например, если кто-то уставился, и ему направлен этот вопрос What the fuck is your problem? то он может переводиться как "Ты чего, бл*дь, уставился?"

В зависимости от контекста можно перевести, например, "В чем, бл*дь, дело?" или "Ты ох*ел?"
В любом случае, на русский более точный перевод будет с использованием нецензурных выражений.

Можно сказать What the hell is your problem?
Значение будет такое же?

Значение будет такое же, с той лишь разницей, что hell является не таким грубым выражением, как fuck.
Совсем цензурный вариант это What the heck is your problem?, то есть hell заменяется на heck.