had done (had been) это Past Perfect - время, которое используется ТОЛЬКО в согласовании времен. Еще его называют "книжное время", так как в разговорной речи оно не используется.
Например, She said she had never been married before.
Это согласование времен, то есть вторая часть предложения зависит от первой. Поскольку первая She said употребляется в Past Simple, то вторая будет сдвигаться в прошлое относительно прошлого, то есть в Past Perfect.
В прямой речи эта фраза выглядела бы так:
She says: "I've never been married before".
Косвенная речь (согласование времен):
She said she had never been married before.